Jaime I, rey de Aragón, decidió a la edad de 17 años conquistar Peñíscola que se encontraba en manos de los árabes. Con ello pensaba controlar el principal punto de defensa de la costa de Valencia.
Inició el asedio en 1225, pero bien pronto comprobó la imposibilidad de triunfo ante la seguridad de la fortaleza.

La política de Jaime I era la de repartir las tierras antes de conquistarlas. Para ello prometió a prelados, órdenes militares, caballeros, ricos-hombres… parte de las tierras que conquistaría a los musulmanes.

En 1233 Jaime I conquistaba Burriana.
A consecuencia de ello negoció la rendición de Peñíscola y la obtuvo bajo la garantía de libertades y franquicias para sus habitantes, los musulmanes.
Es de recordar una crónica que realiza Jaime I diciendo respecto de Peñíscola:
«Hacía tanto mar y viento, que cuando las olas venían de la parte de Tortosa o de la de Oropesa, pasaban de una parte a otra sobre la lengua arenosa, convirtiendo en isla la península.»
En 1238, Peñíscola resistió victoriosamente un ataque por mar de los moros de Túnez que, llamados por el rey moro de Valencia, Zaén, intentaron asaltar por sorpresa el castillo; demostrando los moradores la lealtad al rey Jaime I.
Aunque los musulmanes continuaron habitando Peñíscola, Jaime I puso alcalde y guardias en la vigilancia del castillo y poco a poco fueron estableciéndose cristianos en convivencia con los musulmanes.
Pero en 1248, con motivo de un levantamiento de los musulmanes en el reino de Valencia, el rey decretó la expulsión y confiscación de bienes de todos los musulmanes habitantes de Peñíscola.
En Peñíscola hizo donación de la villa y castillo a Guillem II de Moncada, en parte para evitar sorpresas y deslealtades.
Ese beneficio duró 3 años.
Tras ellos la villa volvió a la Corona y se les confirmó el fuero de Valencia.

Hay que reseñar que en las inmediaciones de Peñíscola, por la costa, cerca de la cuesta de la torre de Abadum, tuvo lugar la batalla de Anisa, en 1237, entre musulmanes y cristianos de gran importancia para la conquista del reino de Valencia.

La victoria obtenida sobre los musulmanes animó a Jaime I a proseguir con la conquista de Valencia y establecer la política de «repartimientos y concesiones», que había previsto en las Cortes de Monzón de 1232 entre los trescientos ochenta «caballeros de la conquista». Tenía que repartir villas y castillos entre los barones y alquerías entre los caballeros en sus conquistas a los musulmanes.

Peñíscola tomó importancia en parte también por el impuesto de la Gabela de sal que estableció Jaime I y que perduraría a lo largo de los siglos.
Gabela se llamaba al edificio donde se expedía la sal. Gabellots eran los hombres encargados.La sal era un producto primordial en la industria y alimentación de la época.
Se empleaba en la salazón de carnes y pescados, en la fabricación de quesos, en panadería, en la alimentación del ganado mezclada con forrajes o piensos, etc., por estas razones las gabelas eran monopolios reales. Probablemente las salinas se encontrarían en la zona pantanosa cercana a Peñíscola dirección Benicarló por la costa. Y ya durante la dominación árabe esas salinas eran explotadas por los musulmanes porque probablemente hubiera unos canales por los que entraría agua del mar.

Nueve fueron los lugares que tenían el privilegio de producir sal: Valencia, Cullera, Játiva, Alcira, Villajoyosa, Orihuela, Alicante, Burriana y Peñíscola.